Mikhail Agrest wurde in Sankt Petersburg geboren und studierte bei Josef Gingold an der Indiana University School of Music in den USA, bevor er seine Dirigierstudien bei Ilya Musin und Mariss Jansons in Sankt Petersburg verfeinerte. Mit dem Orchester des Mariinski-Theaters, bei dem er seit 2001 als Dirigent tätig ist, ging er im selben Jahr auf Tournee nach Europa, Japan, Großbritannien, in den Fernen Osten und die USA. 2003 debütierte er mit Rimski-Korsakows Die Legende von der unsichtbaren Stadt Kitesch an der Metropolitan Opera New York sowie mit Le sacre du printemps und Les Noces am Royal Opera House Covent Garden in London. Sein Operndebüt gab Mikhail Agrest 2008 mit Puccinis Tosca an der Königlichen Oper Schweden, woraufhin im selben Jahr Don Giovanni an der Opera Australia und The Rake’s Progress an der Opera de Oviedo folgten. 2009 stand er am Pult der Glimmerglass Opera bei Jonathan Millers Neuinszenierung von La traviata. Als Gastdirigent dirigierte Mikhail Agrest David Aldens Jenůfa-Inszenierung an der English National Opera sowie Le sacre du printemps und Romeo und Julia des Royal Ballet am Royal Opera House Covent Garden. Mikhail Agrest trat mit Orchestern weltweit auf, u.a. mit dem Orchestre Philharmonique de Radio France, dem Orchestre de la Suisse Romande, dem Houston Symphony Orchestra, dem Bournemouth Symphony Orchestra, der Seattle Symphony, dem Helsinki Philharmonic Orchestra, den Ungarischen Philharmonikern, dem London Philharmonic Orchestra, dem Royal Liverpool Philharmonic Orchestra, dem City of Birmingham Symphony Orchestra, dem Toscanini-Orchester, dem BBC Symphony Orchestra, den Sankt Petersburger Philharmonikern sowie den Orchestern der Komischen Oper Berlin, dem Opernhaus Zürich, der Königlichen Oper Schweden, der Opéra de Lyon und dem Teatro San Carlo in Neapel. Mikhail Agrest dirigiert regelmäßig Vorstellungen des Semperoper Ballett. 2014 übernahm er an der Semperoper außerdem die musikalische Leitung von Schostakowitschs Moskau, Tscherjomuschki. 2017/18 übernahm er die Leitung der Ballettneuproduktion 100°C. In der aktuellen Saison steht er zudem für Aufführungsserie von Der Nussknacker und La Bayadère am Pult der Sächsischen Staatskapelle.